Som, i de flestes øjne, den mest kraftfulde kunstige intelligens nogensinde skabt af mennesker, blev Cortana sendt afsted i selskab med Master Chief i UNSCs sidste forsøg på at afslutte krigen mod Covenanten. Men som det militære bastion, Reach, faldt, måtte Chief of Cortana flygte og på denne færd finde Haloerne og hemmelighederne bag, en begivenhed der bragte dem til Arken. Med alt sansende liv sat i fare af både Covenanten, Flooden og Halo-ringene, besluttede Master Chief og Cortana at ødelægge Arken og dermed omsider afslutte konflikten. I denne forbindelse blev de begge ledt til tærkslen til Requiem, en ildevarslende kraftfuld Forerunner-verden med en dyster hemmelighed. Cortana, nu frygtelig tæt på hendes operationelle levetid, vakler på kanten af blodtørstigt vanvid, som denne nye trussel mod verden omsider afsløres.
