Etableret næsten fem tusind år før den altødelæggende krig mod menneskeheden, er Covenantens militærstyrke grundlagt på baggrund af en aftale mellem to rumrejsende, fremmede civilisationer, San'Shyuum (Profeter) and the Sangheili (Elites), omhandlende den omfattende udforskning og analyse af Forerunner-teknologi. I troen på at disse bestræbelser i sidste ende ville lede til lokationen af Haloerne, en samling af ringverdener, som de troede indeholdt adgang til det hinsides; begyndte de at rasere galaksen i søgen efter disse artefakter og integrerede på voldelig vis arter fra de verdener, de havde hærget undervejs.
Som Covenantens artskollektiv voksede, styrkedes truslen også, indtil de kom i kontakt med menneskeheden. I løbet af den langvarige krig kom et punkt, hvorved Covenantens interne struktur ikke længere kunne vedligeholdes og faldt fra hinanden. Ved sammenbruddet sluttede Sangheilierne sig midlertidigt til menneskeheden for at nedkæmpe deres tidligere allierede, men da krigen ophørte fandt de ikke fred. Med deres kerneidealer ødelaget, indtrådte Sangheilierne i borgerkrig. Fra denne konflikts aske rejste sig en ydergruppe af Sangheili, som, i samarbejde med andre arter, var fuldkomment dedikerede til at afsløre de ældgamle Forerunner-mysterier og fortsætte missionen, hvor Covenanten slap.
