Die Suche nach dem Kontrollraum ...
Immer noch von feindlichen Schiffen verfolgt weckt Keyes SPARTAN 117, den Master Chief, aus dem Kälteschlaf und schickt ihn zum Schutz Cortanas auf die Oberfläche dieser neuen Welt. Doch als Keyes versucht, die Autumn auf der Oberfläche des Rings zu landen, wird er von der Allianz gefasst. Der Chief und Cortana setzen sich über das militärische Protokoll hinweg, dringen in den feindlichen Kreuzer ein, befreien den Captain und treffen sich mit den anderen UNSC-Überlebenden.
Währenddessen erfahren sie, dass die Halo-Installation weitaus wichtiger ist, als sie es je gedacht hätten. Die Allianz glaubte, dass Halo von einer uralten Rasse, die die Blutsväter genannt wurde, erschaffen wurde und eine Waffe mit immenser Macht war — etwas, das möglicherweise in der Lage wäre, das bittere Schicksal zu ändern, das der Krieg versprach.
Sofort machen sich der Chief und Cortana auf den Weg zum Kontrollraum der Installation, doch als sie ihn schließlich finden, wird ein weiteres Geheimnis enthüllt. Die Allianz hat einen Schrecken über den Ring gebracht, der nur als "Flood" bekannt ist, einen seit langer Zeit isolierten Parasiten, der sich von empfindungsfähigem Leben ernährt, indem er alle, die von ihm getötet werden, in monströse Marionetten verwandelt und mit ihnen andere infiziert.
