Die Flood wird entfesselt ...
Als Keyes und ein Marines-Squad der Flood zum Opfer fallen, entdeckt der Chief eine weitere künstliche Intelligenz: 343 Guilty Spark, den heimischen Wächter über Installation 04. Dieses bizarre Konstrukt führt SPARTAN 117 zu einer Lösung für die Parasitenbedrohung: Als er nämlich ein Objekt namens Index findet, erkennt er, dass er die Verteidigungsanlagen von Halo aktivieren und die Flood zerstören kann.
Doch bevor er den Abzug zieht, erklärt Cortana ihm, dass die Halo-Installation nicht die Waffe ist, für die sie sie zuvor gehalten haben. Durch die Aktivierung von Halo würde er nicht nur die Flood, sondern auch jede empfindungsfähige Kreatur in der Galaxis vernichten. Da es keinen direkten Weg gab, die Flood anzugreifen, hatte die Installation die Aufgabe, sie auszuhungern, indem sie alles tötete, was sie zum Überleben brauchte.
Mit dem Aktivierungsindex eilen der Chief und Cortana zur Pillar of Autumn, um die augenscheinlich einzige effiziente Lösung umzusetzen: die Zerstörung Halos. Mithilfe der Schiffsreaktoren zünden sie den Fusionskern des Antriebs und erzeugen eine Explosion, die so gewaltig ist, dass sie den Ring auseinanderbrechen lässt.
Ohne ersichtliche Überlebende kehren der Master Chief und Cortana nach Hause zurück.
