La batalla por el Arca...
Luego de una serie de combates para localizar la sala de control del Arca, el Jefe maestro y el Inquisidor finalmente llegan a la ubicación de Verdad, protegido dentro de una fortaleza elevada. Su llegada, sin embargo, implica pérdidas. Sabiendo que solo los humanos pueden activar las instalaciones Halo, el Profeta de la Verdad mata a Keyes y obliga a Johnson a activar los anillos.
A medida que comienza el proceso, la atmósfera del Arca repentinamente se abre y High Charity cae desde el cielo y choca contra la superficie de la instalación. Los Flood habían llegado.
Con la ayuda de los Gravemind y con sus motivaciones estrechamente alineadas con las de ellos, el Inquisidor y el Jefe se apoderan de la sala de control. Aquí, el deshonrado Élite finalmente se cobra su revancha contra los Covenant, mata al Profeta de la Verdad y evita que los anillos se activen.
A pesar de que Johnson logra escapar, la tregua entre los Flood y la humanidad dura poco. Tanto el Jefe maestro como el Inquisidor son rápidamente atacados por los Gravemind y se ven obligados a huir hacia zonas más profundas dentro de la fortaleza. Durante su huida, el verdadero propósito del Arca se desvela finalmente cuando un enorme anillo se eleva desde las fundiciones en el centro de la instalación.
Ahora que se aclara, el Jefe y el Inquisidor se dan cuenta de que el Arca es capaz no solo de activar las instalaciones Halo, sino también de reconstruirlas si una se dañara. Sabiendo que este reemplazo era para la que él destruyó y que Cortana quizás esté en algún lugar de High Charity, el Jefe se da cuenta rápidamente de lo que debe hacer.
