La búsqueda de la sala de control...
Aún con naves enemigas en su busca, Keyes invoca a SPARTAN-117, el Jefe maestro, desde su estado criónico y lo envía a la superficie de este nuevo mundo, en un esfuerzo por proteger a Cortana. Pero cuando Keyes intenta aterrizar la Autumn sobre la superficie del anillo, los Covenant lo capturan. Haciendo caso omiso al protocolo militar, el Jefe y Cortana se infiltran en el crucero enemigo, liberan al capitán y se reencuentran con los otros sobrevivientes de la UNSC.
Durante el proceso, se enteran de que la instalación Halo es mucho más importante de lo que podrían imaginarse. Los Covenant creían que Halo había sido creado por una antigua raza de seres conocidos como los Forerunners y que era un arma con un inmenso poder, algo posiblemente capaz de alterar el terrible destino que la guerra prometía.
El Jefe y Cortana parten inmediatamente hacia la sala de control de la instalación, pero cuando la encuentran, otro secreto queda revelado. Los Covenant han desatado un horror en el anillo conocido solo como el Flood, un parásito que ha vivido aislado durante mucho tiempo y que se alimenta de cualquier vida que encuentra, se apodera de su cuerpo y lo usa para infectar a otros.
