Los Flood son liberados...
Cuando Keyes y un escuadrón de marines caen presa de los Flood, el Jefe descubre otra inteligencia artificial más: 343 Guilty Spark, el monitor de la Instalación 04. La nueva y extraña construcción guía a SPARTAN-117 a una solución contra la amenaza parásita, donde descubre que al recuperar un objeto conocido como el Índice, puede activar las defensas de Halo y destruir a los Flood.
Sin embargo, antes de que pueda apretar el gatillo, Cortana detiene su mano y le explica que la instalación Halo no es el tipo de arma que pensaban que era en un principio. Al activar a Halo, no solo destruiría a los Flood, sino también a toda criatura viva de la galaxia. Como no había manera de atacar a los Flood directamente, la instalación se diseñó para hacer que se murieran de hambre al matar lo que necesitaban para sobrevivir.
Con el Índice de activación de Halo en su mano, el Jefe y Cortana se apresuraron hacia el Pilar de Autumn para conseguir lo que parecía ser la única solución efectiva: destruir a Halo. Usando los reactores de la nave, detonaron el centro de fusión del motor, lo cual creó una explosión tan poderosa que partió el anillo.
Ante la ausencia de sobrevivientes a la vista, el Jefe mayor y Cortana volvieron a casa.
