Creado alrededor de 5.000 años antes de la devastadora guerra contra la humanidad, el cuerpo militar del Covenant nació del acuerdo establecido entre dos especies alienígenas, conocidas como San’Shyuum (profetas) y Sangheili (élites), para explorar y analizar tecnología Forerunner. Bajo la creencia de que con su esfuerzo conjunto lograrían localizar los mundos conocidos como Halo, una red de gigantescos anillos que, según su fe, les permitiría acceder a la vida eterna; comenzaron a explorar la galaxia en busca de estos artefactos, incorporando violentamente otras especies nativas de los mundos que iban arrasando en este proceso.
A medida que el pacto entre especies conocido como el Covenant iba creciendo, también crecía la amenaza que suponía, hasta que entraron en contacto con la humanidad. A lo largo de esta extensa guerra, la estructura interna del Covenant se fue disolviendo y terminó por disgregarse. Los Sangheili se apartaron del pacto para unirse a la humanidad y derrotar a sus antiguos aliados; pero el fin de la guerra no marcó el inicio de la paz. Con su ideología primordial segregada, los Sangheili entraron en guerra civil. De este conflicto surgió una secta independiente de Sangheili que, junto a otras especies, se dedicó por completo a investigar antiguos misterios Forerunner y continuaron con los objetivos del Covenant.
