Los Covenant regresan a la Tierra...
Enviados a recuperar lo que creían sería el cadáver del Jefe maestro, el sargento Avery Johnson y el Élite renegado conocido como el Inquisidor localizan el cuerpo del Spartan en África oriental. A pesar de haber caído desde el acorazado Forerunner mientras pasaba a través de la atmósfera superior de la Tierra, el Jefe maestro de alguna manera ha sobrevivido. Sin embargo, aún falta una parte de él.
Cortana, la inteligencia artificial de a bordo que había guiado su viaje hasta el momento, permanece al otro lado de la galaxia, en los confines plagados de Flood de la ciudad Covenant de High Charity.
Poco después de recuperar a SPARTAN-117, la teniente coronel Miranda Keyes descubre que los Covenant han desenterrado un inmenso artefacto Forerunner cerca del pueblo de Voi. El Jefe maestro y el Inquisidor avanzan para encontrarse con él, pero cuando llegan, es demasiado tarde.
Usando el acorazado Forerunner, el Profeta de la Verdad activa el artefacto y descubre su secreto. En el cielo, sobre la antigua maquinaria, había un Portal, el origen del eje de los Covenant. Ante las evidencias que sugieren que Cortana podría tener una solución al otro lado, el Jefe maestro, el Inquisidor y todas las fuerzas bajo el mando de la teniente coronel Keyes se abren paso a través de la misteriosa puerta y llegan hasta lo alto de una inmensa estructura Forerunner, la Instalación 00: el Arca.
