Covenantin sotilaallinen elin perustettiin lähes viisi tuhatta vuotta ennen sen tuhoisaa sotaa ihmisten kanssa kahden avaruusaikaisen alien-sivilisaation välille – San’Shyuum (Profeetat) ja Sangheili (Elitet) – perustuen Forerunnerien teknologian yhteiselle tutkimukselle ja analysoinnille. He uskoivat, että nämä pyrkimykset johtaisivat viimein Halon löytymiseen, joka oli heidän uskomustensa mukaan ikuisen elämän salaisuuden sisältävä kehämaailmojen järjestelmä. Näiden artefaktien galaksin laajuiset etsinnät aloitettiin ja ohessa valloitettujen maailmojen lajit integroitiin väkivaltaisesti Covenantiin.
Covenantin lajien kollektiivin kasvaessa myös sen aiheuttama uhka kasvoi, kunnes se kohtasi ihmiskunnan. Tämän pitkittyneen sodan aikana Covenantin sisäisen rakenteen ylläpitäminen kävi mahdottomaksi ja lopulta se murtui. Covenantin murruttua Sangheilit liittyivät hetkeksi ihmisten puolelle lyödäkseen entiset liittolaisensa, mutta sodan loppuminen ei johtanut rauhaan. Sangheilien aatemaailman perusteiden luhistuttua he ajautuivat sisällissotaan. Näiden konfliktien tuhkasta nousi Sangheilien valtavirran ulkopuolella oleva lahko, joka ryhtyi yhdessä muiden lajien kanssa määrätietoisesti selvittämään ikivanhojen Forerunnerien mysteereitä ja toteuttamaan Covenantin aikaisempia tavoitteita.
