Cortana, joka on monen mielestä kehittynein ihmiskunnan koskaan luomista tekoälyistä, annettiin pariksi Master Chiefille UNSC:n toimesta viimeisenä keinona sodan lopettamiseksi Covenantia vastaan. Reachin sotilaslinnoituksen jouduttua vihollisen käsiin Chief ja Cortana pakenivat ja lopulta löysivät Halon, jonka mysteerien selvittäminen johdatti heidät viimein Arkin luo. Kaiken tietoisen elämän ollessa uhattuna Covenantin, Floodin ja Halo Arrayn tapahtumien seurauksena, Master Chief ja Cortana tuhosivat Arkin, joka lopulta päätti konfliktin. Tämän seurauksena he kummatkin päätyivät jostain syystä lähelle Requiemiä, pahaenteisen mahtavaa Forerunnerien maailmaa, jossa piilee synkkä salaisuus. Vaarallisesti käyttöikänsä ylittänyt Cortana horjuu hulluuden partaalla tämän maailman todellisen uhkan vihdoin paljastuessa.
