La bataille pour l'Arche...
Après une série de combats pour localiser la salle de contrôle de l'Arche, Master Chief et l'Arbiter finissent par atteindre l'endroit où se trouve le Prophète de la Vérité qui s'était barricadé dans une citadelle en hauteur. Mais leur arrivée ne se fait pas sans dégâts. S'apercevant que seuls les humains peuvent activer les installations Halo, le Prophète de la Vérité tue Keyes et force Johnson à activer les anneaux.
Dès le début du processus, l'atmosphère de l'Arche s'ouvre brusquement et Grande Bonté surgissant dans le ciel s'écrase dans l'installation. Les parasites étaient arrivés.
Avec l'aide du Fossoyeur, ses motivations ressemblant aux leurs, l'Arbiter et Master Chief font le siège de la salle de contrôle. C'est là que l'Élite disgracié se venge des Covenants en tuant le Prophète de la Vérite et en empêchant l'activation des anneaux.
Bien que Johnson parvienne à s'enfuir, la trêve entre les parasites et les humains est de courte durée. Master Chief et l'Arbiter sont rapidement attaqués par le Fossoyeur et sont obligés de fuir et de s'enfoncer un peu plus dans la citadelle. Pendant leur fuite, le vrai but de l'Arche est enfin révélé lorsqu'un énorme anneau s'élève des fonderies au centre de l'installation.
Master Chief et l'Arbiter réalisent alors que l'Arche est non seulement capable d'activer les installations Halo, mais également de les reconstruire au cas où elles seraient endommagées. Comprenant que cette installation remplaçait celle qu'il avait détruite et que Cortana se trouvait peut-être encore dans Grande Bonté, Master Chief sut ce qu'il devait faire.
