La recherche de la salle de contrôle...
Les vaisseaux ennemis étant toujours à leur poursuite, Keyes sort SPARTAN-117, le Master Chief, de la cryogénisation et l'envoie à la surface de ce nouveau monde afin de protéger Cortana. Mais lorsque Keyes essaie de faire atterrir l'Autumn à la surface de l'anneau, les Covenants le capturent. Ignorant le protocole militaire, Master Chief et Cortana infiltrent le croiseur ennemi et libèrent le capitaine, en se regroupant avec les autres survivants de l'UNSC.
Pendant ce temps, ils apprennent que l'installation Halo est bien plus importante qu'ils n'auraient pu l'imaginer. Les Covenants pensaient que Halo avait été créé par une ancienne race d'entités appelées les Forerunners et qu'il s'agissait d'une arme à la puissance inouïe capable de changer le funeste destin que la guerre avait laissé entrevoir.
Master Chief et Cortana partent alors immédiatement à la recherche de la salle de contrôle mais lorsqu'ils la trouvent, un autre secret a déjà été révélé. Les Covenants ont libéré l'horreur absolue sur l'anneau, sous la forme de parasites autrefois isolés qui se nourrissent de toutes formes de vie qu'ils peuvent trouver, en s'emparant des corps pour en infecter d'autres.
