Les parasites sont lâchés...
Lorsque Keyes et une escouade de Marines tombent aux mains des parasites, Master Chief découvre une autre intelligence artificielle, 343 Guilty Spark, le moniteur résident de l'Installation 04. Cette étrange et nouvelle I.A. guide le SPARTAN-117 vers une solution contre la menace parasite, où il découvre qu'en récupérant un objet connu sous le nom d'Index, il peut activer les défenses d'Halo et détruire les parasites.
Mais avant qu'il ne puisse activer le déclencheur, Cortana lui dit d'arrêter et lui explique que l'installation Halo n'est plus l'arme qu'elle était autrefois. En activant Halo, il détruirait non seulement les parasites, mais également toutes les créatures vivantes de la galaxie. Puisqu'il n'existait aucun moyen d'attaquer directement les parasites, l'installation avait été conçue pour les affamer en tuant les créatures dont ils se nourrissaient.
Avec l'Index d'activation d'Halo en main, Master Chief et Cortana se précipitent vers le Pillar of Autumn et vers ce qui semble être l'unique solution : détruire Halo. À l'aide des réacteurs du vaisseau, ils activent le noyau de fusion du moteur qui génère une explosion si puissante qu'elle brise l'anneau en deux.
Puisqu'il n'y a apparemment aucun survivant, Master Chief et Cortana prennent le chemin du retour.
