Les Covenants reviennent sur Terre...
Envoyés pour récupérer ce qu'ils pensent être le corps de Master Chief, le sergent Avery Johnson et l'Élite renégat connu sous le nom de l'Arbiter, trouvent le corps du Spartan en Afrique de l'Est. Bien qu'il soit tombé du cuirassé Forerunner qui traversait la strate supérieure de l'atmosphère terrestre, Master Chief est parvenu à survivre. Mais une partie de lui a disparu.
Cortana, l'intelligence artificielle de bord qui l'avait guidé jusqu'à présent, se trouve de l'autre côté de la galaxie, dans la ville covenante de Grande Bonté, infestée de parasites.
Peu après avoir retrouvé SPARTAN-117, le Commandant en chef Miranda Keyes révèle que les Covenants ont découvert un énorme artefact Forerunner près de la ville de Voi. Master Chief et l'Arbiter se dépêchent de le retrouver mais lorsqu'ils arrivent, il est trop tard.
À l'aide du cuirassé Forerunner, le Prophète de la Vérité active l'artefact et révèle son secret. Dans le ciel, au-dessus des anciennes machines, se trouvait le portail, objet de toute l'attention des Covenants. Après avoir reçu des preuves que Cortana pourrait avoir trouvé une solution qui les attend de l'autre côté, Master Chief, l'Arbiter et toutes les forces dirigées par le Commandant en chef Keyes traversent la mystérieuse porte et arrivent au-dessus de l'immense structure Forerunner, l'Installation 00 appelée l'Arche.
