コントロール ルームの捜索...
コヴナント軍の執拗な追撃を受け、キース艦長はマスターチーフをコールド スリープから呼び覚まし、この未知の星でコルタナを死守することを命じる。しかし、戦艦オータムを着陸させる際、キース艦長はコヴナントに捕えられてしまう。マスターチーフとコルタナは、軍のプロトコルを無視してコヴナント巡洋艦に侵入し、艦長を救出。その後、UNSC の生存者と合流する。
この作戦中に、彼らは Halo が予想をはるかに超える重要な意味を持つことを知る。Halo はフォアランナーと呼ばれる古代種族の創造物であり、全宇宙の生命体の運命を決定づける究極の兵器だというのだ。
この兵器の操作を行うコントロール ルームへと急ぐマスターチーフとコルタナ。しかし、そこにはさらなる脅威が待ち受けていた。あらゆる知的生命体に襲いかかり、無限に増殖していく恐ろしい寄生生物、「フラッド」の存在だ。
