ストーリー：パート 3

キース艦長と海兵隊員たちがフラッドの餌食になる一方、マスターチーフはアルファ ヘイローの人工知能モニター、343 ギルティスパークを発見する。ギルティスパークによると、インデックスと呼ばれるものを入手し、Halo の防御システムを起動させればフラッドを壊滅させることができるという。

ところが、Halo を起動させようとするマスターチーフをコルタナが制止する。Halo は単なる兵器ではなく、いったん起動させてしまえば、銀河に存在するあらゆる知的生命体を絶滅させてしまうという。フラッドを直接攻撃する手段がないことから、フラッドが寄生し生存していくために必要な生命体を全滅させるよう Halo は設計されていたのだ。

Halo の起動インデックスを手中に、Halo を破壊するという唯一残された解決策を実行するため、オータムへと帰還するマスターチーフとコルタナ。2 人は戦艦のリアクターを用いてエンジンの核融合コアを起爆し、爆発の威力で Halo を破壊する。

生存者の有無は確認できなかったが、マスターチーフとコルタナは崩壊するリングから危機一髪で脱出した。