Cortana ble av mange ansett for å være den kraftigste, kunstige intelligensen som noensinne hadde blitt laget av menneskeheten, og ble satt sammen med Master Chief i et siste forsøk fra UNSC på å avslutte krigen med Covenant. Men etterhvert som militærstillingen Reach falt, flyktet Chief og Cortana, og fant etterhvert Halo og avslørte dets hemmeligheter, en hendelse som skulle føre dem til Arken. Siden alt intelligent liv ble truet av Covenant, Flood og Halo-anlegget, ødela Master Chief og Cortana Arken og avsluttet dermed konflikten. Underveis ble begge på en eller annen måte brakt i nærheten av Requiem, en illevarslende og mektig Forerunner-verden med en mørk hemmelighet. Cortana, nå faretruende forbi sin driftsmessige levetid, balanserer på kanten av tøylesløs spredning idet trusselen fra denne nye verdenen endelig avsløres.
