Het militaire orgaan van het Covenant is ongeveer vijfduizend jaar voor hun oorlog met de mensheid ontstaan op basis van een overeenkomst wat betreft het onderzoek en de analyse van Forerunner-technologie, gesloten tussen twee buitenaardse beschavingen die beiden actief ruimtevaart beoefenen: de San'Shyuum (Prophets) en de Sangheili (Elites). Ervanuitgaand dat zij hierdoor uiteindelijk Halo zouden ontdekken, een verzameling ringplaneten waarvan zij geloofden dat deze de verlossing naar het hiernamaals bevatten, begonnen ze aan een zoektocht door het heelal naar deze artefacten, waarbij andere levensvormen op hun pad geweldadig geïntegreerd werden terwijl hun planeten werden platgebrand.
De dreiging van het Covenant groeide evenredig met het aantal soorten dat zich in het collectief verenigde, totdat het uiteindelijk oog in oog met de mensheid kwam. Gedurende de voortslepende oorlog hield de interne structuur van het Covenant geen stand en viel het uiteen. Tijdens dit uiteenvallen vochten de Sangheili tijdelijk aan de zijde van de mensheid om hun eerdere bondgenoten te verslaan, maar het einde van de oorlog bracht hen geen vrede. Nu hun kernidealen verbrijzeld waren, brak er onder de Sangheili een burgeroorlog uit. Uit dit conflict ontstond een extreme randgroepering van Sangheili, die zich samen met andere soorten volledig richtten op het onthullen van eeuwenoude Forerunner-geheimen en het voortzetten van de inspanningen van het voormalige Covenant.
